Programski ciljevi samostalnog strukovnog sindikata doktora medicine su:
- zaštita i napredovanje esnafa doktora medicine i stomatologije,
- ostvarivanje Ustavom Federacije Bosne i Hercegovine utvrđenog položaja uposlenika doktora medicine i stomatologije.
- usklađivanje interesa uposlenika doktora medicine i stomatologije u zdravstvu sa opštim društvenim interesima.
- razvoj demokratskih procesa i partnerskih odnosa sa poslodavcem.
- zaštitu prava doktora medicine i stomatologije na radnom mjestu i u vezi sa zapošljavanjem.
- zaštita interesa i prava članova Strukovnog sindikata u vezi sa radnopravnim, socijalnim, materijalnim i duštvenim položajem svojih članova;
- obezbjeđenje socijalne sigurnosti i razvijanje životnog standarda članova,
- utvrđivanje realne cijene rada i obezbjeđivanje ostvarivanja svih drugih prava za sve kategorije zaposlenih članova Strukovnog sindikata;
- sklapanje i ostvarivanje kolektivnih ugovora;
- zalaganje za poboljšanje i jedinstveno demokratsko uređenje radnog i socijalnog prava;
- ostvarivanje solidarnosti i pružanje materijalne pomoći članovima;
- ostvarivanje saradnje sa ostalim sindikatima u Bosni i Hercegovini i inostranstvu, uključujući povezivanje i udruživanje s njima, u skladu sa zakonom i aktima Skupštine;
- osiguranje pretpostavki za slobodno sindikalno djelovanje;
- stvaranje uslova za stalno obrazovanje i edukaciju članova sindikata, za realizaciju programskih ciljeva Strukovnog sindikata.